Un jour, une ville est anéantie. Yuki est une jeune femme qui serait la seule survivante de cette fameuse ville après sa destruction et Takuya un homme solitaire. Ensemble, avec la lettre laissée par le père de Yuki, ils se mettent en route vers cette ville, maintenant appelée Lost, mais des obstacles inattendus se dressent sur leur chemin. Les pensées des défunts, des mystérieuses organisations secrètes et des conspirations les attendent alors qu'ils se rapprochent du mystère derrière Lost.

Aoi est une étudiante qui comme son grand-père a la capacité de voir les yokais. Un jour, alors qu'elle cuisinait pour des esprits liés à l'agriculture, un dieu fait son apparition. Il est le maître de l'auberge céleste "Tenshinya". Il emmène de force notre héroïne et lui dit que pour rembourser les dettes de son grand-père désormais décédé, elle va devoir devenir sa fiancée. Loin d'être d'accord avec cette idée, elle propose de travailler au "Tenshinya" pour rembourser la dette.